#bueno no entiendo por que lo pones como array no hay ningun problema usando el mismo 
 #nombre(te recomendaria ordenar tu codigo)


 #IMPORTANTE $MySQLiconn es la variable de conexion a la bd
  #CODIGO PARA LA CONEXION
 define('_HOST_NAME','localhost');
 define('_DATABASE_NAME','ACA COLOCAS EL NOMBRE DE TU BASE DE DATOS');
 define('_DATABASE_USER_NAME','TU USUARIO POR LO GENERAL ES root');
 define('_DATABASE_PASSWORD','COLOCAS CONTRASEÑA SI COLOCASTE ALGUNA');

 $MySQLiconn = new 
 MySQLi(_HOST_NAME,_DATABASE_USER_NAME,_DATABASE_PASSWORD,_DATABASE_NAME);


 if($MySQLiconn->connect_errno)
 {
     die("ERROR : -> ".$MySQLiconn->connect_error);
 }


if(isset($_POST['save']))
{

 $fn = $MySQLiconn->real_escape_string($_POST['fn']);
 $ln = $MySQLiconn->real_escape_string($_POST['ln']);

 $SQL = $MySQLiconn->query("INSERT INTO data(fn,ln) VALUES('$fn','$ln')");

 if(!$SQL)
 {
     echo $MySQLiconn->error;
 } 
}
#EL CODIGO QUE TIENES QUE AGREGAR $MySQLiconn->real_escape_string

REMOVE THE KEYS IS NOT NECESSARY

                <td><input type="number" name="aporteAsociado" class="form-control" id="aporte1" ></td>
                <td><input type="date" name="fechaPagoAsociado" class="form-control" id="fechaPagoAsociado" ></td>
                <td><input type="number" name="aportePatrono" class="form-control" id="aporte2"></td>
                <td><input type="date" name="fechaAportePatrono" class="form-control" id="fechaAportePatrono"></td>
                <td><input type="number" name="montoAporte" class="form-control" id="total"></td>
                <input type="hidden" name="cedulaArray" value="<?php echo $row['cedula']; ?>">

I tell you that what seems to be your error starts from the form, I recommend that you do not try to send all the information in one fell swoop, that will only make your code more complicated

<table class="table table-striped table-sm  table-bordered table-hover">
        <div class="col-3">
            <label for="fechaAporte"><h3><b>Fecha del Aporte</b></h3></label>
            <input type="date" class="form-control" name="fechaAporte" required>
        </div>
        <br>
            <thead class="thead-dark">
                <tr>
                    <th>Cedula</th>
                    <th>Nombre</th>
                    <th>apellido</th>

                    <th>Aporte Asociado</th>
                    <th>Fecha Pago del Asociado</th>
                    <th>Aporte Patronal</th>
                    <th>Fecha del Aporte Patronal</th>
                    <th>Total del Monto Aportado</th>
                    <th>Acción</th>

                </tr>
            </thead>
            <tbody>
                <?php                
                $resultadoBus = mysqli_query($mysqli, "SELECT * FROM asociado WHERE tipoUsuario = 2");

                while ($row = mysqli_fetch_array($resultadoBus)) { 
                    ?>
                    <form method="POST" action="someController.php">
                        <tr>
                            <td><?php echo $row['cedula']; ?></td>
                            <td><?php echo $row['nombre']; ?></td>
                            <td><?php echo $row['apellido']; ?></td>
                        <!-- while de Haberes -->
                            <td><input type="number" name="aporteAsociado" class="form-control" id="aporte1" ></td>
                            <td><input type="date" name="fechaPagoAsociado" class="form-control" id="fechaPagoAsociado" ></td>
                            <td><input type="number" name="aportePatrono" class="form-control" id="aporte2"></td>
                            <td><input type="date" name="fechaAportePatrono" class="form-control" id="fechaAportePatrono"></td>
                            <td><input type="number" name="montoAporte" class="form-control" id="total"></td>
                            <input type="hidden" name="cedula" value="<?php echo $row['cedula']; ?>">


                            <td>

                                <button type="submit" name="btnCrearHaber" class="btn btn-success">Registrar Aporte</button>

                            </td>


                        </tr>
                    </form>
                <?php } ?>

            </tbody>

</table>    

At a graphic level this will not change how you see the data, but at a logical level it will make everything much simpler, from here the only thing you have to do is pass all your data to the backend and interpret it, it should be something like

if(isset($_POST['cedula'])&& $_POST["cedula"] != NULL) {

    $cedula = $_POST['cedula'];
    $fechaAporte = $_POST['fechaAporte'];
    $aporteAsociado = $_POST['aporteAsociado'];
    $fechaPagoAsociado = $_POST['fechaPagoAsociado'];
    $aportePatrono = $_POST['aportePatrono'];
    $fechaAportePatrono = $_POST['fechaAportePatrono'];
    $montoAporte = $_POST['montoAporte'];
    $estado = 0;
    $insertando = "INSERT INTO haber (cedulaAsociado, fechaAporte , aporteAsociado, fechaPagoAsociado, aportePatrono, fechaAportePatrono, montoAporte, estado)
                            VALUES ('$cedulaAsociado', '$fechaAporte', '$aporteAsociado', '$fechaPagoAsociado', '$aportePatrono', '$fechaAportePatrono', '$montoAporte', '$estado')";

    $resultado =  mysqli_query($mysqli, $insertando);
    /*SOME VALIDATION*/   
}

This way you have more control over everything that enters your system.