Print data belonging to a TreeMap

In your code you have several errors.

First

In your class you Alumnoare only initializing the variable calificaciones, so you will only be able to access information stored in that variable. If you try to access any other variable through the methods get, you'll get nothing, since you're not assigning any value to it. The values ​​that you pass to the constructor of the Student class remain in nothing, with the exception of the value of the parameter calificaciones, since that is passed to the variable calificaciones.

To assign values ​​to the other variables, you have to initialize them in the constructor.

Alumno(String nombre, int matricula, double calificaciones[]) {

    this.nombre = nombre;
    this.matricula = matricula;
    this.calificaciones = calificaciones;

}

Second

To obtain the values ​​stored in the variables of the class Alumno, you have to access the methods getof the variables, otherwise you will only access the Student object and it will show you "memory addresses", as it is happening to you. To avoid that you would have to override the method toString()and within it return a Stringin which you concatenate the value of all the variables.

To access the values ​​of the variables, use the get methods of these.

// con getNombre() obtienes el valor almacenado en la variable nombre.
alumnos.get(k).getNombre()

With alumnos.get(k)you access the object of type Student, so that it is shown to you as an Stringoverride of the method toString().

public String toString() {

    String alumno = "nombre: " +this.nombre+ 
                    ", matricula: " +this.matricula+ 
                    ", calificaciones: " +Arrays.toString(this.calificaciones)+ "";
    return alumno;
}

With these fixes your code would look like this:

Pupil

class Alumno {

    private String nombre;
    private int matricula;
    private double calificaciones[];

    Alumno(String nombre, int matricula, double calificaciones[]) {

        // inicializas los valores de todas las variables
        this.nombre = nombre;
        this.matricula = matricula;
        this.calificaciones = calificaciones;
    }

    String getNombre() {
        return nombre;
    }

    int getMat() {
        return matricula;
    }

    double[] getCalif() {
        return calificaciones;
    }

    void setCalif(double calif[]) {
        calificaciones = calif;
    }

    // Sobrescribes el metodo toString() y retornas un String con los 
    // valores de las variables concatenados. 
    public String toString() {

        String alumno = "nombre: " +this.nombre+ 
                        ", matricula: " +this.matricula+ 
                        ", calificaciones: " +Arrays.toString(this.calificaciones)+ "";
        return alumno;
    }

}

Exercise

public class Ejercicio {

    Map<Integer, Alumno> alumnos = new TreeMap<>(); 

    public Map darDeAlta() {
        Scanner y = new Scanner(System.in);
        //boolean b=false;

        double d[] = new double[5];

        System.out.println("Introduzca el nombre del estudiante");
        String n = y.nextLine();
        System.out.println("Introduzca su matricula (de 5 digitos)");
        int m = y.nextInt();
        System.out.println("Introduzca las calificaciones: \n");
        for (int i = 0; i < 5; i++) {
            System.out.println("Introduzca la calificacion");
            d[i] = y.nextDouble();
        }

        if (alumnos.containsKey(m)) {
            System.out.println("Esa matricula ya existe, ingrese otra matricula");
        } else {
            alumnos.put(m, new Alumno(n, m, d));
            System.out.println("Se han dado de alta los datos :)");
            System.out.println("Desea ingresar mas alumnos? \n");

            String s = y.next();
            //if (s.compareTo("si")==0 || s.compareTo("no")==0) 
               // b = true;
        }

        return alumnos;
    }

    public boolean consultas(Map alumnos) {

        Scanner y = new Scanner(System.in);
        boolean c;

        System.out.println("Introduzca la matricula del estudiante a buscar");
        int k = y.nextInt();
        c = alumnos.containsKey(k);
        if (c) {

            // Muestras los datos de los alumnos obteniendo el valor de las variables
            System.out.println("Los datos son:\n" 
                +"Nombre del alumno: "+ alumnos.get(k).getNombre() 
                +"Calificaciones: " + alumnos.get(k).getCalif());

            // Muestras todos los datos de los alumnos.
            // Recuerda que con 'alumnos.get(k)' estas accediendo al objeto alumno y
            // al sobreescribir el metodo `toString()` en la clase Alumnos obtienes 
            // los datos que retornas en el metodo `toString()`
            System.out.println("Los datos son:\n" +alumnos.get(k));

        } else {
            System.out.println("El alumno no se encuentra");
        }

        return true;
    }
}

Your class Alumnois missing assigning the nombrey values matricula​​in the constructor.

Also, you can or should add a method toString()to your students class to be able to read the map.

Note that the map reading shows you the data as you have defined the toString.

/*
 * To change this license header, choose License Headers in Project Properties.
 * To change this template file, choose Tools | Templates
 * and open the template in the editor.
 */

import java.util.Arrays;

/**
 *
 * @author cedano
 */
class Alumno {

private String nombre;
private int matricula;
private double calificaciones[];



Alumno(String nombre, int matricula, double calificaciones[]) {

    this.calificaciones = calificaciones;
    this.nombre = nombre;
    this.matricula = matricula;

}

String getNombre() {
    return nombre;
}

int getMat() {
    return matricula;
}

double[] getCalif() {
    return calificaciones;
}

void setCalif(double calif[]) {
    calificaciones = calif;
}

public String toString(){
     //return super.toString();
     return "("+this.nombre+":"+this.matricula+":"+Arrays.toString(this.calificaciones)+")";
    }


}

Then you can read the map like this:

for (Map.Entry<Integer, Alumno> entry : alumnos.entrySet()) {
   System.out.println("KEY : "+ entry.getKey() +" \t VALUE : "+entry.getValue());
  }

You will have something like this:

KEY : 1      VALUE : (Pedro:1:[10.2, 2.3, 3.6, 4.6])
KEY : 2      VALUE : (Santiago:2:[9.2, 4.5, 10.3, 9.5])

If you don't want to implement the method toString, you can do it like this:

for (Map.Entry<Integer, Alumno> entry : alumnos.entrySet()) {
    String strDatos=  "Nombre:"+entry.getValue().getNombre()
                    + " - Matricula: "+entry.getValue().getMat()
                    + " - Calificaciones:"+Arrays.toString(entry.getValue().getCalif());
   System.out.println(strDatos);
  }

The result will be:

Nombre:Pedro - Matricula: 1 - Calificaciones:[10.2, 2.3, 3.6, 4.6]
Nombre:Santiago - Matricula: 2 - Calificaciones:[9.2, 4.5, 10.3, 9.5]

PS: As of Java 8, maps are read like this:

   alumnos.entrySet().stream().map((entry) -> "Nombre:"+entry.getValue().getNombre()
           + " - Matricula: "+entry.getValue().getMat()
           + " - Calificaciones:"+Arrays.toString(entry.getValue().getCalif())).forEachOrdered((strDatos) -> {
               System.out.println(strDatos);
});

To print a specific student

You ask for the keyStudent using containsKey(keyDelAlumno), for example, if you want the data for Student 1:

int intUnAlumno=1;
if (alumnos.containsKey(intUnAlumno)) {
    Object esteAlumno = alumnos.get(intUnAlumno);
    System.out.println("Alumno (datos como están en toString) : " + esteAlumno);
 }

Result:

Alumno (datos como están en toString) : (Pedro:1:[10.2, 2.3, 3.6, 4.6])